En un estudio reciente publicado en el medRxiv* servidor de preimpresión, los investigadores revelaron la coinfección de las variantes Delta y Omicron del síndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV-2) en dos pacientes con coronavirus epidemiológicamente no relacionados que padecen enfermedad renal crónica y requieren hemodiálisis. Ambas variantes circulaban localmente en Sídney en el momento de la detección.
Estudio: Coinfección con SARS-COV-2 Variantes Omicron y Delta reveladas por vigilancia genómica. Crédito de la imagen: G.Tbov/Shutterstock
La coinfección que involucra diferentes variantes de SARS-CoV-2 rara vez se ha informado durante la primera ola de la pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). Los estudios han sugerido que las coinfecciones podrían resultar en una mayor duración de la enfermedad y de la incisión. Sin embargo, no se han informado previamente coinfecciones con variantes preocupantes (COV) como Delta u Omicron, particularmente en huéspedes inmunodeprimidos.
Sobre el estudio
En el presente estudio, los investigadores informaron los primeros casos de coinfección de Delta y Omicron en Sydney en dos personas inmunocomprometidas en riesgo de COVID-19 grave. La coinfección se identificó cuando había cocirculación local de ambas variantes del SARS-CoV-2.
El caso A tenía entre 60 y 70 años de edad, se presentó al Departamento de Emergencias (ER) con síntomas respiratorios leves y luego dio positivo para SARS-CoV-2 por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de un hisopado nasofaríngeo. El caso B tenía entre 50 y 60 años, presentó fiebre y posteriormente se le diagnosticó PCR positivo para SARS-CoV-2.
Las muestras de ambos pacientes se sometieron a la secuenciación del genoma completo como parte del programa de vigilancia genómica en Nueva Gales del Sur (NSW). Solo los genomas claramente asignados a las variantes del SARS-CoV-2 se informan a las autoridades y se comparten en la iniciativa mundial para compartir todos los datos sobre la influenza (GISAID). Sin embargo, los genomas de los Casos A y B mostraron señales «heterocigotas» inesperadamente altas y no se pudieron asignar con confianza a un linaje de SARS-CoV-2 utilizando el software Pangolin.
Esto desencadenó una revisión detallada del caso que reveló que ambos casos tenían enfermedad renal crónica como resultado de diabetes tipo 2, además de cardiopatía isquémica y obesidad. Además, ambos pacientes recibían hemodiálisis tres veces por semana en el mismo centro de diagnóstico y, por lo tanto, estaban potencialmente expuestos a múltiples pacientes con COVID-19 durante las sesiones de tratamiento.
Las medidas de control de infecciones en el centro de diagnóstico para prevenir la transmisión nosocomial de COVID-19 incluyeron el uso de mascarillas a los pacientes, el distanciamiento físico, la desinfección de los equipos de diálisis y las estaciones de tratamiento después de cada sesión, el uso de equipos de protección personal por parte del personal clínico y la realización de pruebas de PCR a los pacientes en el tiempo de tratamiento.
A pesar de las similitudes en la demografía, los pacientes no se conocían entre sí y no habían estado en una sesión de diagnóstico al mismo tiempo ni habían utilizado la misma estación de tratamiento o equipo de diagnóstico. Si bien ninguno de ellos tenía una infección previa por COVID-19, el Caso A había recibido dos dosis de la vacuna de Pfizer, la segunda dosis diez semanas antes del diagnóstico, y el Caso B no fue vacunado por elección.
Los investigadores utilizaron secuenciación basada en amplicones y sondas con tecnologías de lectura corta y larga para identificar y medir las subpoblaciones Delta y Omicron en muestras respiratorias tomadas de los pacientes.
Observaciones
Una revisión de la frecuencia relativa de los marcadores definidores de variantes 10 Delta y 17 Omicron mostró coinfección con ambas variantes. Los tres métodos de secuenciación mostraron una proporción general muy similar de Omicron y Delta. Sin embargo, cuatro marcadores de linaje revelaron un sesgo de amplificación al amplificar el SARS-CoV-2 con cebadores Midnight.
El análisis poblacional de los datos genómicos obtenidos mostró que las proporciones de variantes en las muestras del Caso A fueron 77 % Delta y 21 % Omicron el Día 2, en comparación con 53 % Delta y 45 % Omicron el Día 3. En las muestras del Caso B, el Las proporciones fueron 53 % Delta y 42 % Omicron el día 3 y 84 % Delta y 11 % Omicron el día 11.
A pesar de tener el mismo patrón de infección mixto, los dos pacientes no estaban vinculados genómicamente en la vía de transmisión. Las dos secuencias de Omicron representaban claramente el sublinaje BA.1 de Omicron, que era predominante en Sydney en el momento del estudio. En comparación, las dos secuencias de Delta formaban parte de diferentes grupos genómicos del sublinaje AY.39.1 de Delta que también circulaba localmente en ese momento.
Parecía que el Caso B estaba infectado inicialmente por Omicron y luego superinfectado con Delta inmediatamente antes de la admisión, ya que la muestra del Día 0 del Caso B solo tenía secuencias de Omicron y las muestras del Día 3 tenían cargas virales altas de Delta y Omicron.
Conclusión
Los hallazgos del estudio subrayan la importancia de la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en poblaciones vulnerables para diagnosticar coinfecciones por variantes del SARS-CoV-2. Estas coinfecciones, especialmente en huéspedes vulnerables, pueden desencadenar una evolución saltacional, lo que enfatiza el papel clave de la vigilancia genómica de COVID-19 en la virología diagnóstica.
Aunque las observaciones respaldan variantes de SARS-CoV-2 epidemiológicamente relevantes y filogenéticamente distintas en ambos pacientes, no son suficientes para confirmar si estos pacientes adquirieron una coinfección dual de SARS-CoV-2 después de exposiciones secuenciales a casos infectados por un solo linaje. Según los autores, se necesitan más estudios sobre la dinámica de la población del SARS-CoV-2 dentro del huésped para comprender mejor estos procesos.
La hipótesis más probable que explica esta coinfección por SARS-CoV-2 es la exposición sostenida de individuos vulnerables e inmunodeprimidos a múltiples pacientes infectados con Delta u Omicron durante la cocirculación comunitaria generalizada de ambas variantes.
*Noticia importante
medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica/el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información establecida.
