Drdando vueltas Viva, el 21 de junio es solsticio de verano o de invierno. Para algunos, este es un momento de celebración acompañado de extraños rituales. Entre los juerguistas se encuentran miembros del Consorcio Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes (Meta).Sub). Si en Bogotá, o Doha, o Kuala Lumpur, o Londres, o Minneapolis, o cualquier otra de unas 60 ciudades alrededor del mundo, ese día vi a alguien barriendo invisiblemente un mostrador de boletos, una barandilla, un torniquete o un asiento en una estación de metro local, no tengas miedo. Es solo uno de los MetaSubLos voluntarios de la sociedad recogen muestras de microbios locales.
muertoSubEl propósito es comprender los complejos invisibles de bacterias, arqueas, hongos y virus que son los representantes más pequeños de la vida. Cada año, el veintiuno de junio, coordina un ejército de cazadores de caza menor que tienen la tarea de muestrear el transporte público en su ciudad. Luego, los hisopos se etiquetan con el tiempo de recolección, la temperatura local, la humedad y la naturaleza de la superficie de la muestra y se envían para secuenciación genética y análisis estadístico.
Los últimos resultados del consorcio, publicados recientemente en célula, basado en 4,728 muestras recolectadas en 2015, 2016 y 2017. Estas muestras muestran que cada ciudad tiene un ecosistema microbiano lo suficientemente distinto (ver tabla) como para actuar como una huella digital. Un algoritmo entrenado en los datos puede determinar el origen de una muestra seleccionada al azar el 88% del tiempo. Hay algunas especies en todas partes. Se encontraron 31 (todas las bacterias) en casi todos los hisopos, y 1145 (también Bar-Yeast y Bacteria) se encontraron en más del 70% de las muestras. Sin embargo, la gran mayoría de las 4.246 especies identificables tenían una distribución mucho más reducida.
Encima de estos objetos identificables está lo desconocido. Casi la mitad de las criaturas secuenciadas no tienen equivalente en los bancos públicos de datos genéticos del mundo, dice Daniela Bezdan, ex directora ejecutiva de Meta.Sub quien fue uno de los líderes del estudio. Se estima que más de 1,000 bacterias recolectadas y 10,000 virus permanecen sin identificar.
Me encontraré con la luz de la luna …
Los organismos no identificados son comunes en tales expediciones de pesca microbiológica, ya que una comprensión adecuada de la biodiversidad microbiana sigue siendo difícil de alcanzar. Pero, a pesar de lo intrigantes que son, es poco probable que estos vecinos escondidos sean peligrosos. «Sabemos que no hay patógenos porque la gente no se enferma ridículamente», dice David Danko, uno de los autores del artículo.
Las identidades de los miembros de este microbioma oscuro son solo uno de los misterios que quedan por resolver. Lo último que regula la ecología microbiana de la ciudad. Sorprendentemente, el patrón observado refleja el entorno más común de plantas y animales en el sentido de que las ciudades tropicales tienen ecosistemas más ricos que las cercanas a los polos (la diversidad microbiana disminuye en un promedio de siete especies por cada grado de latitud). Nadie sabe con certeza por qué este patrón está asociado con criaturas macroscópicas. Esto también puede ser cierto para los microbios que pueden aportar información.
Además de las diferentes latitudes, surgieron otros tres patrones. Las ciudades costeras comparten características de las que carecen las ciudades del interior. También lo hacen los que se encuentran en altitudes más altas, en comparación con los que se encuentran en altitudes más bajas. Lo mismo ocurre con las ciudades con alta densidad de población.
Por ahora, muertoSub Todavía está en el sitio de los primeros botánicos y zoólogos, recopilando información sobre exactamente lo que había allí. A medida que los patrones subyacentes se vuelven claros, tales encuestas pueden tener beneficios prácticos. Por ejemplo, deberían permitir a las agencias de salud pública monitorear y mapear la propagación de enfermedades e identificar nuevas especies dañinas. También pueden permitir el seguimiento de los genes portadores de bacterias que confieren resistencia a los antibióticos. muertoSub Descubrió que esos genes se distribuyen ampliamente, pero no de manera uniforme. Fue menos común en Oceanía y Oriente Medio. Por qué, hasta ahora es imposible decirlo.
El documento actual solo está mirando ADN De las muestras, pero muertaSub El escaneo comienza ahora ARN También. Esto es particularmente relevante para los virus, muchos de los cuales, como el coronavirus que actualmente está barriendo el mundo, almacenan sus genes como ARN, No ADN. Mientras el equipo se prepara para el próximo día de recolección, espera que los datos que recopile brinden una imagen más precisa del papel de los virus en las ciudades y brinden información sobre la propagación del coronavirus. ■
Este artículo apareció en la sección de ciencia y tecnología de la edición impresa con el título «Caza de insectos en pleno verano».
